Музей размещается в самом центре исторической застройки города Екатеринбурга, на территории усадьбы бывшей аптеки Екатеринбургского горного ведомства, построенной по проекту известного уральского архитектора Михаила Малахова в 1821 году. Несмотря на позднейшие переделки, комплекс сохранил типичный для времени постройки облик городской усадьбы эпохи классицизма. Ныне здание музея является памятником архитектуры федерального значения.